Bản thảo gốc Truyện kể Genji do Murasaki Shikibu viết không còn được lưu lại cho đến ngày nay, chỉ còn khoảng 300 bản sao của bản thảo gốc nhưng giữa các bản sao này cũng có những điểm khác biệt.[19] Vào thế kỷ 13, hai học giả Minamoto no Chikayuki và Fujiwara Teika đã có những nỗ lực trong việc duyệt lại các điểm khác biệt giữa những bản sao để biên tập lại chúng sao cho gần với bản thảo gốc nhất. Các bản thảo do Chikayuki sửa lại từ năm 1236 đến 1255 được goi là Kawachibon (河内本, Kawachibon?), các bản thảo do Teika sửa lại được gọi là Aobyōshibon (青表紙本, Aobyōshibon?), các bản thảo không thuộc một trong hai dạng trên được phân vào loại Beppon (別本, Beppon?).[20] Trong số này, các aobyōshibon của Teika được cho là gần với bản gốc hơn cả, cả hai loại bản thảo do Teika và Chikayuki biên tập sau này thường được dùng cho những bản sao mới của Truyện kể Genji. Vào ngày 10 tháng 3 năm 2008, người ta đã tìm thấy ở Kyōto một bản sao của Truyện kể Genji có từ cuối giai đoạn Kamakura (1192–1333),[21][22] bản sao này là chương 6 ("Suetsumuhana") của tác phẩm có độ dài 65 trang và không hề chịu ảnh hưởng của các aobyōshibon do Teika chỉnh sửa. Phát hiện này được đánh giá cao vì chúng chứng tỏ vào giai đoạn Kamakura vẫn có những bản sao không do Teika chỉnh sửa được sử dụng.

Vào thế kỷ 12, các nhà quý tộc Nhật Bản đã đặt những nghệ sĩ cung đình ở Kyoto làm 12 cuộn Truyện kể Genji có kèm tranh minh họa. Sau khi hoàn thành, bộ tranh minh họa xuất sắc này được coi là kiệt tác của Hội họa Nhật Bản và là tác phẩm tiêu biểu nhất của phong cách vẽ yamato-e. Cho đến nay chỉ còn vài phần trong số các cuộn truyện này còn được lưu lại tại Bảo tàng Mỹ thuật Tokugawa (các cuộn tranh của gia đình Tokugawa Owari) và Bảo tàng Gotoh (các cuộn tranh của gia đình Hachisuka). Đây được coi là những bức hình minh họa sớm nhất về Truyện kể Genji còn được lưu giữ đến ngày nay, chúng được coi là Bảo vật quốc gia của Nhật Bản.[23]

Ngoài các bức tranh theo phong cách yamato-e, tác phẩm Truyện kể Genji còn là nguồn cảm hứng minh họa cho nhiều họa sĩ khác, trong đó có bộ tranh khắc gỗ của họa sĩ Yamamoto Harumasa (1610-1682). 227 bức minh họa được Yamamoto hoàn thành vào năm 1650. Tuy chịu ảnh hưởng của bộ tranh minh họa Truyện kể Ise (伊勢物語, Ise monogatari?) ra đời trước đó vài chục năm nhưng tác phẩm của Yamamoto vẫn được đánh giá cao vì sự tinh tế của các chi tiết khắc vượt trội so với những bộ tranh minh họa ra đời trước đó.[24]